Page 147 - 医学检验技术发展与创新

第四章 分子诊断临床应用

比对到相应的基因组参考序列上，按照SAM格式（序列比对/定位）输出比对结果。
这种格式可以被多种变异检测工具处理，提供的信息包括序列读段、序列质量、
在参考基因组上的位置、序列读段与参考序列之间的差异。
3. 识别序列变异

应用 GATK 等软件识别序列变异，包括单核苷酸变异和插入缺失。运行过
程包括序列的局部比对→量分值的重新校准→别变异→列变异过滤等过程。
4. 变异注释
通过 ANNOVAR 或 VEP 等注释工具对检测到的变异进行数据库注释，注释

信息包括变异类型、区域信息、在不同群体中的发生频率以及与已知疾病的确切
关系等。临床实验室需要结合检测目的选择适当的注释数据库。根据美国医学学
会的标准，实验室需要结合序列是否在 OMIM/HGMD 中有注释、变异频率、变异
类型、既往报道等信息将变异主要分成以下 4 类：第一，已报道的致病位点；第二，

新发现并预测为致病的变异位点；第三，新发现但致病性不明确的变异位点；第四，
报道与临床表型相关而致病性不明确的变异位点。最后还需要结合疾病的遗传模
式以及患者的实际临床表现进行综合判断。目前，NGS 的数据分析方法已向着便
捷化、智能化的方向发现。一些测序公司针对测序数据预处理及变异检测已形成

较为成熟的生物信息分析流程和软件包，如美国生命科学公司的 Ion Torrent PGM
平台随机携带的分析软件包 Torrent Suite 和变异识别插件 Torrent Variant Caller。
另外，一些互联网服务公司还形成了云服务等便捷的数据分析方式。这些分析软
件和互联网技术的快速发展也将进一步加速 NGS 技术在临床的广泛应用。

NGS 技术的不断发展正在推动当前的医疗模式向新的精准医学模式迈进。
究其主要原因在于 NGS 技术的发展深化了人们对遗传性疾病分子特征的认识，
同时加速了该技术在临床分子诊断中的应用。目前，尽管 NGS 技术的临床应用
具有广泛的应用前景，但尚处于起步阶段，国内测序技术的临床应用标准尚不完

善，需要加速建立更加完善的行业标准。对临床科室而言，随着越来越多的潜在
遗传学标志物的出现，有待临床医生提出新的个体化治疗方案，使更多的患者从
精准医学中获益。另外，越来越多的 NGS 数据的出现，对临床实验室也提出了
新的要求：临床实验室在能有效处理和分析高通量数据的同时，还应该能对获得

的高通量数据进行有效的存储，方便将来再次结合临床数据进行整合分析，从中
挖掘更有效的信息以适用于临床诊断。总之，随着 NGS 技术的持续发展和对高

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